大连新冠一周进展报告丨新冠肺炎中和抗体可长

4月10日，中国中医科学院和首都医科大学团队联合在Journal of Medical Virology杂志在线发表题为“Vaginal Delivery Report of a Healthy Neonate Born to a Convalescent Mother with COVID-19”的研究论文，首次报告了一个在妊娠期（分娩前37天）诊断为COVID-19感染的孕妇的病例，通过阴道成功分娩一个没有SARS-CoV-2感染的活婴。该病例在妊娠晚期没有发生宫内传播SARS-CoV-2。

4月8日，中国香港大学李嘉诚医学院梁卓伟、胡子祺及梁诗敏在Lancet 在线发表研究论文，表明中国实施的一系列非药物干预措施，包括社会隔离和人口行为改变，大大降低了COVID-19在全国的传播能力。自2月下旬以来，湖北以外地区的COVID-19每日新增病例数已大幅下降，几乎降至零；但是，由于病毒的重新引入（尤其是国际输入，例如从意大利或欧洲其他国家、伊朗、美国等地），第二波COVID-19传播是可能的。密切监测瞬时有效繁殖数量并实时调整政策干预措施，以确保可控的第二波浪潮仍然是压倒一切的公共卫生重点。

4月8日，中国农科院哈尔滨兽医研究所陈化兰、步志高及中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所武桂珍共同作为通讯作者在Science 在线发表研究论文，调查了雪貂及与人类密切接触的动物对SARS-CoV-2的易感性。结果表明，新冠病毒在狗、猪、鸡和鸭子中的复制能力很差，但在雪貂和猫身上能有效复制。该研究还发现，新冠病毒可通过呼吸道飞沫在猫之间传播。目前仍不明确猫能否将病毒传染给人类，因此猫主人尚无需恐慌。同时，4月5日，美国纽约布朗克斯动物园一只4岁的老虎新冠病毒检测呈阳性，此外，另外三只老虎以及三只非洲狮（African lion）都出现了干咳和食欲下降的症状。这些动物是被一名无症状感染员工传染的。动物园的其他动物没有出现感染新冠病毒症状。总而言之，部分猫科动物对新冠病毒易感。

4月7日，武汉市疾病预防控制中心刘满清团队在Nature Microbiology 在线发表研究论文，回顾性调查了武汉流感样疾病（ILI）患者中SARS-CoV-2的存在。该研究在9例患者标本中检测到SARS-CoV-2 RNA，所有标本均于2020年1月（2020W01–W03）采集，当时季节性流感仍然活跃。这9名COVID-19阳性患者来自武汉市区和周边地区的六个不同地区，这为该地区的社区传播提供了更多证据。总之，该研究工作为了解当前流行病的早期阶段增加了信息。在当地ILI患者中检测到SARS-CoV-2病例，表明社区传播已于1月初在武汉建立。

4月6日，意大利米兰Giacomo Grasselli等在JAMA在线发表研究论文。研究纳入了1591例有COVID-19感染、收治于ICU的患者，患者的中位年龄为63岁，男性数量为1304例（82%）。在1043名有可用数据的患者中，709名（68%）患有至少1种合并症，509名（49%）患有高血压。在1300名具有可用呼吸支持数据的患者中，有1287名（99%）需要呼吸支持，包括机械通气1150名（88%）、无创通气137名（11%）。截至2020年3月25日，已有1581名ICU处置数据患者中，仍有920名患者（58%）仍在ICU中，有256名患者（16%）从ICU出院，其中405人死于ICU。老年患者（n= 786；年龄≥64岁）的死亡率高于年轻患者（n = 795；年龄≤63岁）（36% vs 15%）。意大利伦巴第重症监护病房收治的经实验室确认的COVID-19感染病例多数是老年男性，很大一部分需要机械通气和高水平的PEEP，ICU死亡率为26%。

4月10日，清华大学饶子和、娄智勇及上海科技大学王权共同作为通讯作者在Science发表题为“Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus”的研究论文，报告了SARS-Cov-2辅助因子nsp7和nsp8与全长nsp12的cryo-EM结构，分辨率为2.9埃。除了病毒聚合酶家族的聚合酶核心的保守结构和冠状病毒RdRp中特有的与Nido RdRp相关的核苷酸转移酶（NiRAN）域外，nsp12在其N末端还拥有一个新鉴定的β-发夹结构域，并观察到病毒复制和转录的关键残基。该研究还提供了比较分析，以显示瑞德昔韦如何与该聚合酶结合。这种结构提供了对冠状病毒复制/转录机制的核心组成部分的认识，并为设计针对病毒RdRp的新型抗病毒治疗药物提供了思路。

4月9日，中科院上海药物所徐华强、许叶春，浙江大学张岩及清华大学张抒扬共同作为通讯作者在bioRxiv在线发表未经同行评审的研究论文，确定了SARS-CoV-2 RdRp复合物的自然形式或与模板引物RNA和抗病毒药物Remdesivir的两个冷冻EM结构。复合物的结构表明，部分双链RNA模板插入了RdRp的中央通道，在其中Remdesivir被掺入到第一个复制的碱基对中并终止了链的延长。 该结构为病毒RNA复制的工作机制提供了重要的信息，并为对抗病毒感染的药物设计提供了合理的模板。

4月9日，上海科技大学饶子和、杨海涛及中科院上海药物所蒋华良共同作为通讯作者在Nature 在线发表题为“Structure of Mpro from COVID-19 virus and discovery of its inhibitors”的研究论文，解析了新型冠状病毒关键药物靶点——主蛋白酶（Mpro）的高分辨率三维空间结构，并综合利用三种不同的药物发现策略，找到针对新冠病毒的潜在药物。

4月8日，韩国基础科学研究所Dongwan Kim等在Cell 在线发表题为“The architecture of SARS-CoV-2 transcriptome”的研究论文，利用两种互补的测序技术，展示了SARS-CoV-2转录组和表观转录组的高分辨率图。DNA纳米孔测序表明，由于许多不连续的转录事件，转录组非常复杂。除了典型的基因组RNA和9个亚基因组RNA，SARS-CoV-2还可产生编码未知ORF且具有融合、缺失和（或）移码的转录本。使用纳米孔直接RNA测序，该研究进一步在病毒转录本上找到了至少41个RNA修饰位点，具有最频繁的基序AAGAA。修饰的RNA比未修饰的RNA具有较短的poly（A）尾巴，表明修饰和3'尾巴之间存在联系。在这项研究中发现的未知转录本和RNA修饰的功能研究将为我们对SARS-CoV-2的生命周期和致病性的理解开辟新的方向。

4月4日，德克萨斯大学医学院师培勇等团队在Cell Host & Microbe 在线发表题为“An infectious cDNA clone of SARS-CoV-2”的研究论文，将跨越SARS-CoV-2基因组的七个cDNA片段组装成一个全基因组cDNA。在体外将cDNA转录成为有感染性的病毒RNA，通过电穿孔将RNA导入后，进入细胞后具有高度感染性，产生2.9×10⁶ PFU/ml病毒体。与临床分离株相比，克隆来源的SARS-CoV-2（icSARS-CoV 2）表现出相似的噬菌斑形态，病毒RNA谱和复制动力学。此外，icSARS-CoV-2保留了工程分子标记，并且未获得其他突变。通过将这种报告基因导入病毒基因组的OFR7中，可以生成稳定的icSARS-CoV-2-mNG。icSARSCoV-2-mNG已成功用于评估干扰素的抗病毒活性。这项研究开发的新系统，突破了病毒来源的限制，能够在短时间内（一周）大量生产或改造活性病毒，以用于疾病诊断、动物模型建立、中间宿主确认、疫苗研发等研究。

近日，意大利锡耶纳大学研究人员在medRxiv上在线发现研究论文，利用意大利基因组网络（NIG）统计了意大利人ACE2基因的遗传变异，并鉴定出3种常见的变异体和30种罕见的错义变异体，这些基因突变被预测可能会影响SARS-CoV-2的入侵过程。鉴于这些基因突变在其他人群中较为少见，而这些差异或许可以部分解释在意大利和欧洲非芬兰人群中观察到的更高的COVID-19发病率和致命率。值得注意的是，目前该研究仍是初步性的，后续仍需要进一步的调查和实验去证实。

4月8日，美国科学院院刊PNAS发表了一篇来自剑桥大学的研究论文，研究人员在通过基于12月24日至3月4日GitHub平台的Nextstrian来自全球的160份新冠感染样本的全基因组分析，绘制了新冠病毒进化图谱，分析后发现，新冠病毒已发生变异，截止3月4日，已突变出A、B、C三类变异体，其中A为始祖病毒，B是A的后代，C是B的后代。虽然A型最早出现在中国武汉，但分布最广、数量最多的是在美国和澳大利亚。中国感染最多的是由A型的后代B型，B型主要集中分布在中国及东亚地区，同时，中国没有发现C型；B型的后代C型在中国大陆没有，但在欧洲非常普遍，主要分布在欧洲、美国加州、巴西、新加坡及中国的香港和台湾。不过，虽然研究成果得到了同行评审，但是由于样本只有160例患者，还不能肯定结果是否具有普遍性。  

4月10日，Jonathan Grein等在NEJM 在线发表题为“Compassionate Use of Remdesivir for Patients with Severe Covid-19”的研究论文，分析了53位重症患者的数据。在基线时，有30名患者（57%）正在接受机械通气，而4名（8%）正在接受体外膜氧合。在18天的中位随访期间，有36例患者（68%）的氧气支持水平有所改善，其中30例（57%）接受机械通气的患者中有17例已拔管。共有25例患者（47%）出院，7例患者（13%）死亡；在接受有创通气的患者中，死亡率为18%（6/34），而未接受有创通气的患者为5%（1/19）。而在接受同情使用瑞德西韦治疗严重Covid-19感染的住院患者中，68%的患者（36/53）观察到临床改善。具体的疗效评判需要进行瑞德西韦治疗的随机、安慰剂对照试验。  

4月8日，博德研究所张锋团队在bioRxiv在线发表未经同行评审的题为“LAMP-Seq: Population-Scale COVID-19 Diagnostics Using a Compressed Barcode Space”的研究论文，提出了一种条形码逆转录循环介导的等温扩增（RT-LAMP）方法LAMP-Seq，可以显著降低人口规模测试的成本和复杂性。在这种方法中，单个样品在单个加热步骤中进行处理，产生条形码的扩增子，可以将其运送到测序中心，进行汇总和分析。对压缩的条形码空间中的每个样本使用独特的条形码组合可实现广泛的合并，从而显著降低成本和组织工作。鉴于下一代测序的低成本和可扩展性，研究人员相信使用现有的测序基础设施，该方法可以合理地扩展规模，每天可测序及分析数百万个样品。

4月6日，复旦大学黄竞荷、姜世勃及陆路等在medRxiv 在线发表研究论文，该研究发现SARS-CoV-2 中和抗体（NAb）无法与SARS-CoV病毒发生交叉反应。从疾病发作后的第10~15天开始在患者中检测到SARS-CoV-2特异性NAb，此后一直保留。老年和中年患者的血浆NAb滴度和刺突结合抗体明显高于年轻患者。值得注意的是，在这些患者中，有十名患者的NAb滴度低于可检测水平（ID50：<40）。与此相反，两名患者显示出非常高的NAb滴度。入院时NAb滴度与血浆CRP水平呈正相关，与患者淋巴细胞计数呈负相关，表明体液反应与细胞免疫反应之间存在关联。

总之，NAb滴度与年龄、淋巴细胞计数和血液CRP水平的相关性表明，应进一步探索冠状病毒感染中病毒与宿主免疫反应之间的相互作用，以开发抗SARS-CoV-2病毒的有效疫苗。此外，在使用恢复性血浆进行预防或治疗之前，滴定NAb很有帮助。

4月6日，北卡罗来纳大学教堂山分校的Ralph Baric课题组在 Science Translational Medicine 杂志上发表研究论文，称开发出了一种新型药物EIDD-2801。当EIDD-2801作为预防用药的时候，它可以防止受感染的小鼠出现严重的肺损伤。而在感染后的12小时或24小时内给予药物治疗时，EIDD-2801可降低小鼠肺损伤和体重减轻的程度。此外，该研究还证实了携带瑞德西韦耐药性突变的病毒实际上会更容易受到EIDD-2801的作用，反之亦然。这表明，这两种药物可以结合使用来提高疗效，防止耐药性的出现。